安裝 Win2000 前必須決定檔案系統。三大選項各有優劣，關鍵在「相容性需求」與「進階功能需求」的取捨。
| 項目 | FAT (FAT16) | FAT32 | NTFS (建議) |
|---|---|---|---|
| 最大卷大小 | 4 GB | 2 TB (Win2000 限 32 GB 格式化，掛載支援更大) | 256 TB (理論) |
| 最大檔案 | 4 GB | 4 GB | 16 TB |
| 簇大小預設 | 依卷大小（見下表） | 4 KB (8–16 GB)、8 KB (16–32 GB)… | 4 KB (固定，≤16 TB) |
| 安全性 | 無 | 無 | ACL、EFS 加密、配額、稽核 |
| 壓縮 | 無 | 無 | 支援 |
| 磁碟修復 | CHKDSK 基礎 | CHKDSK 基礎 | 交易式、日誌式、自動修復 |
| 相容性 | DOS、Win9x、NT、OS/2 全支援 | Win95 OSR2/98/Me/2000/XP | 僅 NT 核心系統 (NT/2000/XP/2003/Vista/7/8/10/11) |
| 轉換方向 | → FAT32/NTFS (單向) | → NTFS (單向，convert) | 無法轉回 FAT/FAT32（需重新格式化） |
| 卷大小 | 簇大小 |
|---|---|
| ≤ 127 MB | 2 KB |
| 128–255 MB | 4 KB |
| 256–511 MB | 8 KB |
| 512–1023 MB | 16 KB |
| 1–2 GB | 32 KB |
| > 2 GB | 不建議用 FAT |
convert X: /fs:ntfs（無損資料，需重開機）檔案系統選擇 = 相容性 vs 進階功能。現代純 NT 核心環境，**NTFS 一択**。雙開機舊系統才需 FAT32 妥協。記住：NTFS 轉不回去，格式化前請三思。
