早期只關注格式化硬碟、刪除檔案等直接破壞，實則病毒危害層次極深，涵蓋資源搶佔、效能衰減、不可預見錯誤、相容性問題、心理恐懼五大維度。
1. 直接破壞資料資訊
格式化磁碟、改寫 FAT/目錄、刪除關鍵檔、垃圾資料覆蓋、破壞 CMOS 設定。磁碟殺手病毒 (Disk Killer) 開機 48 小時後觸發，改寫硬碟資料，殺毒軟體可修復，勿輕易放棄。
2. 佔用磁碟空間與資訊破壞
- 開機型病毒覆蓋開機扇區，原扇區資料永久遺失。
- 檔案型病毒利用 DOS 功能寫入未用空間，通常不破壞原資料但非法佔用空間；傳染速度快者導致檔案膨脹、磁碟空間嚴重浪費。
3. 搶佔系統資源
- 多數病毒常駐記憶體，佔用基礎記憶體 (大小約等於病毒體積)，導致部分軟體無法執行。
- 修改中斷向量表，在正常中斷流程插入病毒代碼，干擾系統正常運行。
4. 影響電腦運行速度
- 持續監視工作狀態判斷傳染/觸發條件，多餘且有害。
- 加密技術：靜態/動態代碼加密，CPU 每次執行需解密再加密，額外跑數千至上萬指令。
- 傳染過程插入非法操作，特別是軟碟傳染時讀寫順序被打亂、發出刺耳噪音、速度明顯變慢。
5. 錯誤與不可預見的危害
- 病毒無測試流程，匆匆編寫釋出，絕大多數含邏輯錯誤。
- 變種病毒由初學者修改產生新錯誤。
- 黑色星期五病毒 9 處錯誤、乒乓病毒 5 處錯誤，大量未知錯誤擴散後果難測。
6. 相容性差導致死機
病毒作者不測試多環境相容性，常在特定機型/OS 版本下死機。
7. 心理恐懼與無形損失
- 售後 60%+ 諮詢為懷疑中毒，確診僅 70%，30% 為誤判 (死機/異常多因非病毒)。
- 用戶寧可信其有，付出時間金錢代價；誤判格式化磁碟損失難彌補。
- 大型網路系統因甄別病毒而停機，病毒如「幽靈」籠罩用戶心頭，極大降低使用效率，無形損失難估量。
