EFS 加密檔案網路共享麻煩：管理員須導入憑證給其他用戶。BitLocker 則簡單得多——檔案儲存於受保護磁碟機自動加密；複製至無 BitLocker 磁碟機自動解密（需解密權限）。網路共享時：檔案留在受保護磁碟機保持加密狀態，授權用戶即可存取，認證授權過程對用戶透明，無需手動導入憑證，這是優於 EFS 最大改進。
EFS 對系統檔與用戶檔同等對待。BitLocker 對系統分區加密後，啟動時持續監控：磁碟錯誤、BIOS 變更、啟動配置變更等，偵測到風險自動鎖定磁碟機，需預設金鑰解鎖，防止系統檔/配置檔在管理員不知情下被竄改，有效防禦木馬、病毒、惡意程式破壞。
注意： 1) 首次啟用系統分區保護必須建立解鎖密碼，否則鎖定時無法解鎖。2) 有 TPM 晶片可儲存密碼，鎖定時自動向 TPM 索取密碼解鎖。作為伺服器建議配置 TPM 並啟用 BitLocker，大幅保障伺服器安全穩定。
EFS 只需帳號密碼即可登入繞過保護；BitLocker 即使知道帳號密碼，仍監測系統檔變更，發現風險拒絕更改，這是 EFS 做不到的。
可見 BitLocker 在系統分區保護與共享管理上優於 EFS，企業資料保護首選。
