系統目錄存放核心檔案，直接影響系統穩定。本文詳細列出主要系統資料夾功能，並對照 Windows 98/Me、2000、XP/2003 的路徑差異，幫助使用者快速定位與理解。
| 資料夾名稱 | Win 98/Me 路徑 | Win 2000/XP/2003 路徑 | 功能說明 |
|---|---|---|---|
| All Users | Windows\All Users | Documents and Settings\All Users | 所有使用者共用的桌面、開始選單、啟動群組等設定。 |
| Application Data | Windows\Application Data | Documents and Settings\<用戶>\Application Data | 應用程式儲存使用者專屬資料（如工具列捷徑、輸入法設定）。 |
| Applog | Windows\Applog | WinNT\System32\Applog | 記錄應用程式執行時所呼叫的檔案、記憶體位址等資訊，供效能優化參考。 |
| Catroot / Catroot2 | Windows\Catroot | WinNT\System32\Catroot | 儲存數位簽章目錄檔，驗證系統檔案完整性。 |
| Command | Windows\Command | WinNT\System32 | DOS 模式外部指令（如 format、fdisk、sys），修復系統時關鍵。 |
| Config | Windows\Config | WinNT\Config | MIDI 樂器定義檔等硬體設定檔。 |
| Cookies | Windows\Cookies | Documents and Settings\<用戶>\Cookies | 瀏覽器儲存的網站 Cookie（用戶名、偏好設定、追蹤資料）。 |
| Cursors | Windows\Cursors | WinNT\Cursors | 滑鼠游標動畫檔（.ani、.cur）。 |
| Desktop | Windows\Desktop | Documents and Settings\<用戶>\Desktop | 桌面捷徑與檔案實體存放處。 |
| Downloaded Program Files | Windows\Downloaded Program Files | WinNT\Downloaded Program Files | IE 下載的 ActiveX 控制項、Java Applet 等網頁元件。 |
| Favorites | Windows\Favorites | Documents and Settings\<用戶>\Favorites | IE 我的最愛書籤捷徑。 |
| Fonts | Windows\Fonts | WinNT\Fonts | 系統字型檔，可直接複製 .ttf/.fon 檔安裝新字型。 |
| Help | Windows\Help | WinNT\Help | 系統線上說明檔（.hlp、.chm）。 |
| History | Windows\History | Documents and Settings\<用戶>\Local Settings\History | IE 瀏覽歷史記錄，可清除以保護隱私。 |
| Offline Web Pages | Windows\Offline Web Pages | Documents and Settings\<用戶>\Offline Web Pages | 設定為離線可用的網頁快取。 |
| Recent | Windows\Recent | Documents and Settings\<用戶>\Recent | 最近開啟文件的捷徑，對應「開始」→「文件」清單。 |
| SendTo | Windows\SendTo | Documents and Settings\<用戶>\SendTo | 右鍵「傳送至」選單項目，可自訂常用目標資料夾。 |
| Start Menu | Windows\Start Menu | Documents and Settings\<用戶>\Start Menu | 開始選單捷徑與資料夾結構。 |
| System / System32 | Windows\System | WinNT\System32 | 核心系統檔、驅動程式、DLL、控制台程式，系統運作心臟。 |
| Temp | Windows\Temp | Documents and Settings\<用戶>\Local Settings\Temp | 暫存檔目錄，定期清理可釋放空間。 |
| WinNT / Windows | Windows | WinNT (2000) / Windows (XP/2003) | 系統根目錄，包含上述所有子資料夾。 |
Windows 下；Win 2000 起採用 Documents and Settings 完全隔離每位用戶的桌面、我的文件、Application Data 等。Windows\System；NT 核心系列統一在 System32（64 位元系統另見 SysWOW64）。Windows 或 WinNT 目錄不足以還原用戶設定，務必包含 Documents and Settings。熟悉系統資料夾架構，不僅利於疑難排解，也能在備份、移轉、安全稽核時更有的放矢。
