Windows 2000/XP 安裝時會保留舊版開機磁區為 BOOTSECT.DOS,但 DOS/98 安裝會直接覆蓋開機磁區。若先裝 2000/XP 再裝 98/DOS,需手動備份 XP 開機磁區、安裝 98 後再還原,並修改 boot.ini 加入 98/DOS 選單。以下為 DEBUG 指令操作流程(需具備 DEBUG 基礎,否則建議用 XP 安裝光碟修復)。
debug -L 0 2 0 1 -N C:\XPBOOT.DAT -R CX 200 -W 0 -Q
debug -L 0 2 0 1 -N C:\BOOTSECT.DOS -R CX 200 -W 0 -Q
debug -N C:\XPBOOT.DAT -L 0 -W 0 2 0 1 -Q
[operating systems] C:\="難忘的 DOS 時代" 或 "苟延殘喘的 98 時光"
警告:DEBUG 直接操作磁區極高風險,操作錯誤可能導致所有資料遺失。不熟悉者請改用 XP 安裝光碟「修復主控台」執行fixboot、fixmbr修復開機,再手動編輯boot.ini。