即使主檔案表（MFT）無碎片，檔案碎片仍會導致磁頭頻繁移動、讀取延遲。保持碎片率低是提升 NTFS 磁碟區效能最關鍵因素，務必定期執行磁碟重組工具。
NTFS 支援檔案/資料夾/整棵目錄樹壓縮，能節省硬碟空間。但每次存取壓縮檔案都需解壓縮→操作→再壓縮，大幅增加 CPU 負擔。硬碟空間充足時，建議關閉壓縮功能以換取最佳效能。
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