IIS 6.0 包含於 Windows Server 2003 四個版本(資料中心版、企業版、標準版、Web 版),不支援 Windows XP/2000/NT。最大變革:除 Web 版外,其他版本預設不安裝 IIS,體現微軟「安裝前先詢問」的安全哲學。安裝途徑三種:「管理您的伺服器」精靈、「控制台」→「新增/移除 Windows 元件」、無人值守安裝。
首次啟動時,「管理您的伺服器」精靈自動啟動,選擇「應用程式伺服器 (IIS, ASP.NET)」角色,可選擇性安裝 ASP.NET 與 FrontPage 擴充。IIS 6.0 移除預設文件與 IISHelp 虛擬目錄,文件改以線上說明提供;Internet 服務管理器 (ISM) 改名為「遠端管理 (HTML)」,終端服務進階用戶端改為「遠端桌面 Web 連線」。
無人值守安裝仍是唯一能將工具與預設網站安裝至非系統磁碟的方式。升級安裝時 IIS 6.0 預設停用,除非:已安裝 IIS Lockdown 工具、存在 RetainW3SVCStatus 登錄鍵、或無人值守回答檔指定 DisableWebServiceOnUpgrade=False。
IIS 5.0/4.0 均在使用者模式運行(Inetinfo 進程內以 System 帳戶,或進程外以 IWAM 帳戶)。為支援萬級網站並提升安全性/可靠性,微軟重寫核心。新架構將「監聽請求」、「建立/監視網站」、「運行 Web 服務」三大任務分離,建立於三大支柱:W3SVC、HTTP.sys、W3Core。
IIS 5.0 的 Out-of-Process 池雖隔離應用程式,但池內所有應用共享進程,一崩潰全倒。IIS 6.0 新架構理論上大幅改善可用性、安全與效能,實測穩定性與效能有「奇蹟般提升」。
