提到政府伺服器採購，許多人誤以為僅是購買硬體設備。然而在智慧財產權保護日益受重視的今天，正版軟體（包含作業系統、資料庫等應用軟體）在伺服器上合法合規運作，已成為不可逆轉的趨勢，政府機關更應率先垂范，帶頭使用正版軟體。
雖然盜版軟體表面上似乎能節省成本，日常操作體驗與正版差異不大，但長期運行維護中卻隱藏諸多安全隱患：無法及時安裝關鍵補丁、嚴重安全漏洞頻出，導致病毒、木馬、駭客入侵，伺服器安全無從保障；此外還常出現系統不穩、莫名藍畫面、死機等異常。從安全性、可靠性、穩定性考量，正版軟體採購是政府伺服器建置中不可或缺的關鍵環節。
目前政府部門 PC 伺服器（工作站）常見作業系統包括 Windows 2000/2003、Linux、FreeBSD、SCO Unix、SGI IRIX；高效能伺服器（小型機）則運行 IBM AIX、HP-UX、Sun Solaris 等專用系統；刀片伺服器多採用上述系統的定製版本。
政府部門許多應用建構於 Windows 平台，主因有二：一是圖形介面操作直觀，符合國人使用習慣；二是對 Unix 等命令列操作系統認知不足，指令與參數記憶困難，導致應用建構門檻較高。
採購隨機附贈的 Windows Server 2003 Standard Edition 若無法支援硬體配置或滿足功能需求，必須升級採購 Enterprise 或 Datacenter 版本。且授權需與伺服器台數一一對應，不可「多機少授」，否則不符正版規範，也無法獲得完整的安全更新與技術支援，嚴重影響系統穩定與資安防護。
Linux 已納入政府集中採購目錄，備受矚目。從宏觀層面看，Linux 產業發展關乎國家資訊安全與民族軟體產業戰略躍升，國家相關部門出台多項推廣政策，廣東省更率先成立「Linux 公共服務技術支援中心」。
Linux 具備成本低、安全性高、系統穩定、高性價比等優勢，成為 IBM、Oracle 等廠商資料庫平台首選。主流廠商（IBM、HP、Sun、Oracle）皆全面支援 Linux 核心。授權模式上，Linux 服務費約 4,000 元/套且不限安裝數量，遠低於微軟依授權數計費的模式，大量部署可大幅降低成本。
常見伺服器級 Linux 發行版包括 Red Hat、SUSE、紅旗、Turbolinux、中軟等。政府採購伺服器亦常隨機附贈 Linux，Web、FTP 等基礎應用已獲認可，但複雜解決方案仍需廠商付費技術支援，整體維護成本仍較 Windows 低。
政府常用 Unix 系統有五種：IBM AIX、Sun Solaris、HP-UX、SCO Unix OpenServer、FreeBSD。前三者隨硬體捆綁銷售，購機即含授權；後兩者具開源特性，應用於特定行業。實務經驗顯示，FreeBSD 在高負載下穩定度與功能性優於 Linux，Linux 高負載表現較差，FreeBSD 則表現穩健。
