Windows「開始」選單中的「啟動」資料夾，路徑為 C:\Documents and Settings\Administrator\「開始」菜單\程式\啟動。註冊表對應位置：HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run。請打開檢查是否有來路不明程式。
涵蓋 system.ini、win.ini、啟動項目等，是自啟動程式聚集地。
shell=explorer.exe 後若掛載其他程式，必須仔細核對安全性。
可透過 load=hack.exe 或 run=hack.exe 實現自啟動。
這裡彙總幾乎所有可見啟動項（經特殊處理者除外）。可對可疑項目檢查路徑、命令，點選「停用」禁止開機載入。除核心硬體/核心軟體外，殺毒、防火牆、播放器、記憶體管理等皆可適度調整。
病毒木馬的頑固性多仰賴註冊表。平時可用註冊表監視器監控變動，安裝新軟體/執行新程式時切勿被外表迷惑，需查清是否為木馬偽裝或捆綁程式。必要時可從備份還原註冊表。
手動檢查註冊表相關位置雖與上文重疊，但網路安全「小心永遠不嫌多」。務必與乾淨系統註冊表比對，發現不一致處必須查明真偽，切勿輕信表面名稱（如 system、windows、programfiles），確為不明程式立即刪除。
