哪個伺服器作業系統更好？微軟 Windows 還是開源 Linux？爭論無數，但長期用過兩者的 IT 顧問指出：最適合工作需求的很難一概而論，選擇時需綜合成本、效能、安全、應用程式。
SystemExperts 首席顧問 Phil Cox：「Linux 作業系統免費，Windows 需付授權費，成本面 Linux 勝出；任何實體硬體平台上 Linux 效能約快 25%。」但具體哪款更好仍視實際情況。
Linux 更靈活自由，甚至核心可自行修改，許多客製化設定 Windows 無法體驗，故贊美者眾。但事物有兩面性：正是因靈活，維護難度增大，導致許多企業用戶望而卻步。
例：Linux 核心可修改高度客製化 → IT 人員技能要求更高；版本眾多，應用程式相容性常出怪異問題。
Windows 吸引力在穩定，雖不夠靈活，但整合應用程式時往往最簡單。微軟高層透露：未來伺服器作業系統將有大動作。
Windows 內建良好存取控制機制，無需安裝外掛/補丁即實現有效存取控制。
兩者都有補丁，但 Windows 打補丁容易得多，來源單一（微軟）。Linux 補丁機制複雜：軟體開發組織針對單一軟體發布、發行版廠商發布補丁包集合，且打補丁風險高。雖開源社群有強大補丁管理工具，但給 Linux 打補丁極複雜，無幾分膽量與把握不敢輕易安裝；Windows 下新手也能高枕無憂裝補丁。
Cox：「Linux 界沒有 TechNet，用戶必須尋求社群幫助，正因如此 Linux 社群才繁榮。」這才是 Linux 人與文化的關係。優秀文化吸引更多人追尋。
或許這些原因導致人人說 Linux 好卻不敢用，Windows 為何仍佔大多數企業伺服器？但目前某些垂直產業青睞 Linux，金融業已成最大用戶。國內 Linux 發展日趨成熟，已具規模。
Cox 指出 Linux/開源軟體在企業外網應用普遍，工業技術領域深受喜愛，許多產品服務可見 Linux 身影（如 Amazon EC2 雲運算資料中心建基於 Xen Linux 伺服器之上）。
